Po zvládnutí základních příkazů pro komunikaci s centrálou bylo možné přistoupit ke zhotovení řídicího počítačového programu. Bylo použito vývojové prostředí Delphi. Výsledný program v současné verzi není univerzální, byl navržen na míru stávajícímu kolejišti a stávajícímu vozovému parku.
Program umožňuje všechny funkce řízení vyhybek a lokomotiv. Takže může sloužit jako druhý navigátor. Na rozdíl od originálního navigátoru umožňuje současné přihlášení a nezávislé řízení více lokomotiv najednou.
V programu jsou zabudovány i některé další funkce, jako obecný generátor řídících sekvencí nebo logování provozu originálního navigátoru. Je tedy možné originální navigátorem provést nějakou ukázkovou jízdu, posloupnost povelů s časovými prodlevami zaznamenat do počítače a pak jízdu zopakovat z počítače. Bohužel, tento typ automatizace provozu není úplně spolehlivý. Vlivem vnějších okolností se nepodaří absolutně přesně ujet stejnou rychlostí za stejný čas stejnou vzdálenost. Rozdíly jsou na jednom okruhu sice jen v jednotkách centimetrů, ale časem se sčítají. Pro automatizaci provozu se ukazují jako nezbytné kolejové kontakty, pomocí kterých by se synchronizovala skutečná poloha vlaku. To je námět pro třetí etapu budování kolejiště.